こんばんは。エアクリーナーボックスの底部には、水抜きの穴が有る筈です。フェンダー側の一段低くなっている所だったと思います。その穴が泥やほこりで詰まっているのだと思います。針金などで突いて、通してやると良いです。オフロード走行が多い様でしたら、水抜き穴を拡大しても良いでしょう。