１０デリカに乗り始めました。
遠くの信号が赤なんかでアクセルを離すと回生充電のおかげで結構な減速感があり目測よりも手前で減速してしまいます。

慣れの問題もあるのでしょうが下り坂なんかでも回生充電してる感ありますが燃費向上を狙ってニュートラルに入れるのってＣＶＴや車にとって悪影響ってありますか？

そう頻繁に行うものでもないですが、気になりました～

その減速感は、トルクコンバーターのロックアップによるものなので、
減速エネルギー回生システム(高効率発電制御)には関係ありません。

走行中ニュートラルにすることにより、燃料カット領域が使えませんので、
（アイドル分の燃料が消費されるため）かえって燃費が悪くなってしまいます。

ミッションに対する悪影響には諸説ありますが、
取説などには、避けるよう注意書きはされています。