コーティングごに、ボンネットに１５センチ位の傷があります。コンパウドで磨けば落ちる位の傷なのですが、磨くとコーティングの保障が無くなるのでしょうか？ちなみにコーティングは、ディラーでしてもらいました。

私もディーラー純正のコーティングをしようか悩んで…
結局やめてクリスタルキーパーをスタンドでやってもらいました。
これもガラスですが、こっちの方が安く上がりますし（５年ではなく１年程度の持ちですが…）
それよりも下錆コーティングの方を優先したもので…

それで、MITUBISHIのホームページの説明に
http://www.mitsubishi-motors.co.jp/support/maintenance/service/gl ..... ating.html

Q.洗車機や飛石などのキズは保証されるのですか？
A.外的要因のため保証適応外です。

とあるので難しいかも知れないですね。
でも、とりあえずディーラーに相談してみては如何ですか？