純正のミュージックサーバーに音楽を保存するのはCDだけしか出来ないのでしょうか？アイポットや携帯のSDminiの音楽は保存できますか？

ミュージックサーバーには音楽CDのみしか録音できません。

MP3等の再生機能はありますが、録音は出来ません。
PCでMP3やWMAを、一旦WAVEファイルに変換し、CD-Rなどに書き込めば録音は可能です。